Las Tortugas Ninja ven amenazado su hogar debido a un plan urdido por el Doctor Baxter Stockman, quien con ayuda de sus ratoneros y de Old Hob intentará capturar a los quelonios. A su vez, el General Krang hace acto de presencia en Nueva York exigiendo a Stockman que salde una deuda pendiente. Raphael, Donatello, Michelangelo y Donatello están en serios aprietos, y aceptarían de buen grado la ayuda de aliados como April O’Nell y Casey Jones…