Hellboy ha muerto y está en el Infierno, los agentes Liz Sherman y Ben Daimio siguen desaparecidos, y Abe Sapien permanece en coma después de que le disparara la vidente llamada Fenix. El líder del equipo ruso de investigación de lo oculto ha reclutado a Johann Kraus pero ha perdido la confianza de la doctora Kate Corrigan. La AIDP ha empezado a reclutar a un buen número de marines, soldados, espías y policías para hacer frente a los crecientes horrores provocados por los Ogdru Hem.