Gen el descalzo trata sobre un estudiante de primaria de nombre Gen Nakaoka, que sobrevive junto a su madre al bombardeo atómico de Hiroshima, y tiene que sobrevivir en tiempos de desesperación y angustia. En varios volúmenes se ve cómo es despreciado por otros, pues su padre era pacifista y se rehusó a ir a la guerra, o también cómo Gen ayuda a dar a luz a su madre.